Adobe Illustrator puede crear PDF de varias páginas usando varias mesas de trabajo. Si necesitas cambiar el orden de las páginas, así es como se hace.
Las mesas de trabajo son como el lienzo en Adobe Photoshop.

El número de dos cifras a la izquierda de cada mesa de trabajo indica el orden del contenido en el PDF. Para cambiar el orden, abre el panel Mesas de trabajo y arrastra los elementos como quieras.
1 Abre -> Window (Ventana, en la barra de menús superior) -> elige Artboards (Mesas de trabajo)

2 Cambia el orden de las mesas de trabajo arrastrando las capas

Después, solo tienes que guardar el documento como PDF.
