O Adobe Illustrator pode criar PDF com várias páginas usando várias pranchetas. Se precisar de reorganizar a ordem das páginas, veja como.
As pranchetas são como a tela no Adobe Photoshop.
O número de dois dígitos à esquerda de cada prancheta indica a ordem do conteúdo no PDF. Para alterar a ordem, abra o painel Pranchetas e arraste os itens como quiser.
1 Abra -> Window (Janela, na barra de menus superior) -> escolha Artboards (Pranchetas)
2 Altere a ordem das pranchetas arrastando as camadas
Depois, basta guardar o documento em PDF.